W 1988 roku Watson został asystentem reżysera, a rok później reżyser, z National Center for Human Genome Project Narodowych Instytutów Zdrowia (NIH ). Podczas gdy nadzór nad projektem, że przeznaczono niewielką część środków na studiowanie zagadnień etycznych wynikających z ustaleń projektu. W trakcie swojej kadencji, Watson miał szereg sporów politycznych z NIH, w 1992 roku, podał się do dymisji. Największa
Oprócz Nagrody Nobla, Watson otrzymał wiele nagród, w tym nagrody John Collins Warren z Massachusetts General Hospital , 1959; Nagroda Eli Lilly w Biochemii, 1960; Nagroda Lasker American Public Health Association, 1960; John J. Carty Złoty Medal of National Academy of Sciences, 1971; i Prezydencki Medal Wolności, 1977. Był członkiem Amerykańskiej Akademii Sztuki i Nauki od 1958 roku i Narodowej Akademii Nauk od 1962 roku
