W 1568 roku Mary uciekła z aresztu i wychował armii, który został pokonany w pierwszym zaangażowania, w Langside. Potem uciekł do Anglii. Największa wygnaniu w Anglii
Królowej Elżbiety, choć przyjazny dla szkockich szlachciców, nie pochwalał obalenia legalnego monarchy i pozwolił jej kuzyna, aby pozostać w Anglii. Jednak Elizabeth miał ją przechowywać w wirtualnym porodu. Mary szybko stał się centrum serii działek katolickich obalenia Mary Elizabeth i miejsce na tronie. W niektórych zagrała bezpośrednią rolę; w innych nie zrobiła, jest tylko tematem dla ploterów. Największa
Pierwsza działka, w 1569 roku, wyprodukowany powstanie z dostojników katolickich w północnej Anglii. Zostali szybko pokonany, a niektóre 800 rebelianci zostali powieszeni. Parlament wezwał do realizacji Maryi, ale Elizabeth odmówił. W 1571 roku Roberto Ridolfi, włoski bankowiec w Londynie i sekret papieski szpieg, opracowali zamachu Elizabeth, mają hiszpańskie siły inwazji Anglii, i umieścić Maryję na tronie. Działka została odkryta, a książę Norfolk, kluczowy spiskowca, został ścięty. Parlament wezwał Elizabeth do podjęcia działań przeciwko Marii, ale odmówiła. Największa
Mary był uczestnikiem spisku Throckmorton (1583), który wezwał do inwazji Francji i Hiszpanii w jej imieniu. Jej udział w 1586 roku w programie (the Babington Conspiracy) do zamordowania Elizabeth okazał jej zguby. Maryja został osądzony i uznany za winnego zdrady i Parlament ponownie zwrócił Elizabeth jej wykonania. Po pewnym wahaniu królowa podpisał wyrok śmierci, i Maryja został ścięty na zamku Fotheringhay się 8 lutego, 1587.