karaibskim wybrzeżu Panamy została zbadana przez hiszpańską ekspedycję pod Rodrigo de Bastidas o 1500. W regionie była zamieszkana przez kilka pokoleń Indian, Cuna jest największym. W 1502 roku Krzysztof Kolumb popłynął wzdłuż wybrzeża do centralnej części przesmyku i twierdził obszar dla Hiszpanii. Na północnym wybrzeżu Panamy była lokalizacja pierwszego hiszpańskiego osadnictwa na kontynencie. Największa
W 1509 roku hiszpański rząd wydał licencje Alonso de Ojeda i Diego de Nicuesa do rozstrzygnięcia regiony zbadane przez Bastidas i Columbus. Pierwsze kolonie powstały w 1510 roku w San Sebastián (na co jest teraz na północnym wybrzeżu Kolumbii) i Nombre de Dios. Oni nie rozwijać, jednak z powodu chorób, głodu i konfliktów z Indianami. Pierwszy sukces osada, Santa Maria, została założona w 1510 roku, gdy Vasco Núñez de Balboa przekonany osadnicy w San Sebastián, aby przejść do nowej lokalizacji na zachodnim brzegu Zatoki Darien. Indianie w nowym miejscu były szybko stłumiona i Balboa został gubernatorem nowej kolonii. W 1513 Balboa ruszył w poprzek przesmyku i odkrył Pacyfiku. Największa podróże Nowego Świata Balboa. Im mniejsza mapa pokazuje trasę Vasco Núñez de Balboa jest z Hiszpanii do Karaibów w 1501 Większa mapa pokazuje swoje trasy przez Morze Karaibskie. W ciągu 1501 i 1502 roku, Balboa popłynął wzdłuż północnego wybrzeża Ameryki Południowej i do Hispanioli. On pomógł stworzyć kolonię Darien w 1510 roku W 1513 roku, Balboa przeszedł Przesmyk Panamski i niedowidzących na Ocean Spokojny.
Balboa został zastąpiony w komendzie, a później skazany na śmierć, przez Pedrarias de Avila, który w 1519 roku założył miasto Panamy na południowym wybrzeżu przesmyku służyć jako siedziba rządu. Francisco Pizarro w 1531 roku rozpoczęła podbój Peru od nowego miasta. Kamienna droga została zbudowana z Panama City do Portobelo, a wszystko złoto, srebro i kamienie pochodzące z peruwiańskich kopalniach przeszły po nim mają być załadowane w hiszpańskich galeonów na karaibskim wybrzeżu. Największa
Korsarze z innych krajów europejskich, zwłaszcza Anglii, nękani hiszpańskiego Main (kontynentalne). W 1572 roku Francis Drake chwycił muła pociąg skarbu przejście przesmyk. W chwili jego śmierci w 1596 roku przygotowywał się do ataku Portobelo. Port został zdobyty w 1601 roku przez Williama Parkera, i został zwolniony w 1668 roku przez Henry Morgan, który wrócił