Aleksander Agassiz urodził się w Neuchâtel, Szwajcaria. Przybył do Stanów Zjednoczonych w 1849 roku Po ukończeniu studiów na Harvardzie w 1855 roku otrzymał dyplom inżyniera (1857) i zoologii (1862) z Uniwersytetu Harvarda Lawrence Szkoły Naukowej. W 1867 roku został kierownikiem Agassiz kopalni miedzi Calumet i Hecla w Lake Superior. Opracował je do najcenniejszych kopalni miedzi na świecie. Od 1872 roku do 1876 roku Agassiz pomógł zorganizować zbiórki podczas oceanograficzne wyprawy brytyjskiego statku Challenger. Pracował jako kurator Muzeum Zoologii Porównawczej Uniwersytetu Harvarda, który założył jego ojciec, od 1885 do 1892 roku przekazała ponad milion dolarów do muzeum i był jego dyrektorem od 1902 roku aż do śmierci Największa Jego pisma zawierają.:
Badania nad morzem w Natural History (1865) z Elizabeth Cabot Agassiza, macochy; Rewizji Echini (2 tomy, 1872-74); Rozgwiazdy Ameryki Północnej (1877).