W dodatku do jego nauczania, Bessey opublikował ponad 150 artykułów i recenzji. On pisał na tematy susze i choroby roślin i grzybów. On miał interes w prymitywnych rodzimych traw i roślin. Dwie z jego prac, "Ewolucja i klasyfikacja" (1893) i "filogenetyczna Taksonomia roślin kwitnących" (1915), były prace nowatorskie. Na prośbę wydawcy i namową Gray, Bessey napisał podręcznik Botanika dla szkół średnich i uczelni (1880), która wprowadziła nowe obszary badań. Jego druga książka, Podstawy botaniki (1884), był mniej techniczny i stał się najczęściej używanym botanika tekst w Stanach Zjednoczonych. Bessey był także redaktorem dwóch botaniczny wiodących czasopismach, amerykański przyrodnik (1880-1897) i nauki (1897/15). Największa
W czerwcu 1884 roku, Bessey lewej Iowa przyjąć stanowisko profesora botaniki i dziekana Kolegium przemysłowe (także szkołę rolnictwa) na University of Nebraska. Gdy Bessey przybył, nie było programu w botanice, ale zbudował solidny program, który dołączony laboratoria mikroskopów i wycieczki. Podczas gdy w stanie Nebraska, zbudował zielnik i botanicznej literatury mieszkaniowego biblioteki. Bessey pełnił funkcję dziekana uczelni od 1884 roku do 1888 roku w przemyśle i od roku 1895 do roku 1909. Od 1888 do 1891 roku pełnił podwójną stanowisko kanclerza i działając dziekana Kolegium Literatury, Nauki i AREMD. W 1899 i 1907 roku ponownie pełnił funkcję kanclerza działające. Największa