W chwili wybuchu Cywilnego Wojna, Frmont zlecono główną generała wolontariuszy i dał polecenie Departamentu Zachodu, z siedzibą w St. Louis w stanie Missouri. Został usunięty przez prezydenta Lincolna po rozkazał, bez zezwolenia, uwolnienie niewolników w stanie Missouri, na granicy, że nie odłączyła ale gdzie napięcia były wysokie. W 1862 roku otrzymał dowództwo mniejsze znaczenie w zachodniej Wirginii, ale okazały się nieskuteczne w przeciwnych kampanię Shenandoah Konfederacji. On podał się do dymisji zaraz po. Największa
Radykalni Republikanie nominowany Frmont na prezydenta w 1864 roku, ale wycofał się. Po wojnie domowej, Frmont stracił majątek po nieudanym przedsięwzięciu kolejowego. Prezydent Hayes uratował go od biedy, nazywając go gubernatorem Terytorium Arizony, stanowisko piastował podczas 187883. Pani Frmont pomógł również z finansami, pisząc artykuły do różnych publikacji. Tuż przed śmiercią Frmont, prezydent Harrison przywrócił go do wojska jako emerytowanego generała majora z wynagrodzenia. Największa