Kansas-Nebraska Act (1854) wyruszył granica Missouri-Kansas wojna jako grupy pro- i anty-niewolnictwo próbował zdobyć wpływ na Kansas. Pro-niewolnictwo Missourians, zwane "łotrów graniczne", wykonany zbrojne rajdy przez granicę, a Kansas abolicjonistów odwet. Walki w dużej mierze zatrzymał się w 1859 roku, ale dopiero dwa lata później Missouri ponownie została rozdarta przez konflikt, kiedy zaczęła się wojna domowa.
Chociaż Missouri dozwolone niewolnictwo, nie secesji z Unii. Na początku wojny domowej, gubernator Claiborne F. Jackson, który sprzyjał South, został obalony przez wojska Unii. Akcja ta doprowadziła do pierwszej bitwy lądowej wojny, walczył w Boonville w czerwcu 1861. Po nim w sierpniu przez znaczącego zaangażowania w Wilson Creek (w pobliżu Springfield). Missouri był nękany przez całą wojnę przez konfederatów zespołów partyzanckich, takich jak Raiders Quantrill w. Największa późniejszy rozwój
Po wojnie, Missouri weszła długi okres odzyskiwania i ponownego dostosowania. radykalnych republikanów odbędzie krótko władzę, ale zostali wysiedleni przez Demokratów, który wygrał wybory w 1872 roku i pozostał dominującą siłą polityczną w ciągu ostatniego kwartału 19 wieku. Największa
Gdy rzeki były główne trasy i parowców tryb główny transportu, Missouri miał ścisłe powiązania z Nowego Orleanu i Południa. Jednak, jak koleje zostały rozszerzone i steamboating spadła, państwo stało się bardziej ściśle sprzymierzony z północy i wschodu. Louis i Kansas City wzrosła do dużych miast przemysłowych. Wiele europejskich imigrantów przyciągała nowych centrów produkcyjnych. Wynagrodzenia pozostawały niskie, jednak i nie było powszechne niepokoje przemysłowej, a strajkującymi robotnikami żądać reform. Nie było również wiele obszarów wiejskich niezadowolenie. Mimo, ulepszone metody uprawy zostały przyjęte, a produkcja wzrosła, rolnicy nie stać się bogatym. Największa
Na początku lat 20. wieku, administracje reform z gubernatorów Joseph W. Ludowej (1905/09) i Herbert W.