W 1310 r Czeski tron przeszedł na członka rodziny w Luksemburgu, a następnie na stanowisku cesarza. Pod cesarza Karola IV (1347-78), Czechach osiągnęła swój złoty wiek. Uniwersytet w Pradze, założona w 1348 roku, był to pierwszy uniwersytet w Europie Środkowej. Aktywność intelektualna doprowadził do waśni religijnych, które stały się powszechne pod przewodnictwem reformator Jan Hus (1369? -1415). Zdradzony przez cesarza Zygmunta, który obiecał mu bezpieczne prowadzenie do rady kościelnej, aby bronić swoich poglądów, a następnie pozostawiono do rady aresztować go za herezję, Hus został spalony na stosie. Wywołało to bunt przez zwolenników Huss-tych, którzy żądali reform zarówno religijne i polityczne, a kiedy Zygmunt odziedziczył tron Czech w 1419, odmówił uznania nowego króla. Wojny husyckie wynikające zakończył w 1434 tylko wtedy, gdy rada Kościół zgodził się na umiarkowane husytów jako członków Kościoła katolickiego. Największa
husycki szlachcic Jerzy z Poděbrad został wybrany królem Czech w 1458 roku W 1462 papież Paweł II złożono go, i znowu nie było walki. George odzyskał tron z pomocy z Polski, a na jego śmierci opuścił tron polski księcia Władysława II, który wkrótce stał się monarcha Węgrzech również. Gdy syn i następca Władysława zginął w 1526 roku w walce z Turkami, obie trony przeszedł przez małżeństwo Ferdynanda Habsburga, arcyksięcia Austrii, a od 1556 roku, cesarz rzymski. Od tego czasu władcy habsburskiej Austrii był również monarcha Czechach. Największa
Konflikt religijny pomiędzy głównie protestanckiej ludności Czech i katolickich Habsburgów doprowadziła w 1618 roku do wybuchu wojny trzydziestoletniej. Czesi zostali całkowicie pokonani przez siły katolickie i stracił prawie cały głos w rządzie kraju. Wszystkie kościoły protestanckie zostały zakazane. Czeski (lub Morawski) Bracia, Kościół założony przez husytów, została niemal zniszczona. Największa Habsburgów Era
prześladowania protestantów w Czechach przez jego Habsburgów władców doprowadziły do masowej emigracji czeskich arystokratów i kupcy. Ich miejsca zajęli regionach katolickich imigrantów z Niemiec or
